由于中国北方已经饱经战火涂炭，“铠甲生虮虱，万姓以死亡；白骨露于野，千里无鸡鸣”，生灵几尽，元气已伤，而且大顺、大明及张献忠的余部都南下，北方拒剃发的抗清行为表现得比较分散、微弱。
在接下来数十年波澜壮阔的抗清斗争主要出现在南方。
最先亮剑拒绝剃发，继而掀起弘光朝灭亡后南明第一次抗清高潮的，是南直隶常州府的江阴县。
江阴，因地处“大江之阴”而得名，是一个地理上的小县，“南北相去七十里，东西相去百四十里”，其北滨大江，东连常熟，西界武进，南界无锡、阳湖，位置重要，乃是山水交会之地，且土地肥沃、产量奇高，每年输出粮食六万多石，赋税十多万两白银，富庶繁荣。洪武初年，明太祖朱元璋在这里驻军，俯临大江，曾有过建都的意向。其如鹅鼻截江，火脉直射金山，是采石以下拱卫金陵的第一重要门户。
江阴民风淳厚，敦礼让，尚气节，轻富贵，崇自由。有明一代，如徐麒一类不愿入朝为官者比比皆是。而忠臣义士，也不乏其人。如正德朝，宦官刘瑾擅政误国，在朝任职的三位江阴人：主事黄昭、御史贡安甫、史良佐，就因以挽死谏、以奏章忤，被称为“江阴一时三忠”。天启朝“东林后七君子”中的缪昌期、李应升也是江阴人氏。
弘光政权倾覆，由弘光政府任职的江阴县令林之骥不肯入清为官，也颇具节气。
林之骥，进士，福建莆田人。崇祯十七年上任，因为听不懂江南话，被人称为“林木瓜”。清豫亲王多铎攻下了南京，随即遍檄四方，附近州县的官员纷纷投降，林之骥却愤然挂印辞职而去。
在林之骥的带头下，江阴参将张宿、海防程某、县丞胡廷栋、学使朱国富、兵务马鸣霆去任等也纷纷去任。
江阴没有县令，清廷便安排降清的前明进士方享负责接管。
方亨，河南人氏，是大明末年的一个无耻文人。当初，河南省还没有进入清朝版图，方亨就急不可耐地跑入清营大献财物，因而得到了清廷的青睐。赴任之日，纱帽蓝袍，没有改换明朝的服饰，不带家属，止有家丁二十余人，一副年少得志的派头。入了县衙，方亨便出具清廷的委任状，宣布自己为江阴县令，正式接管江阴。他拖着官腔问管理造册的官吏：“各县已献册，江阴何以独无？”官吏赶紧出具各图造册。方亨将其收起，派人送往南京，意为江阴已经归顺清廷。
新官上任三把火。
方亨烧的第一把火就是全县民众必须剃发。
他声称“豫王有令，江阴限三日剃发！”
五月二十七日，有四个长相凶悍的满洲兵莅临江阴，自称奉常州太守宗灏的差遣，前来监督剃发执行情况。对这四个满兵，方亨毕恭毕敬，奉若神明，将他们迎入同察院，然后严令剃发。
二十八日，方亨出示告示，严申剃发是满清的法令，不能违背。
司马迁在《史记》中列举了十大侮辱，其中剔发、易服占其中之二。况且，“身体发肤，受之父母，不得毁伤。”这头发岂可说剃就剃？
尽管方亨一再重申，但全县百姓无一人愿剃。
二十九日，县里一些比较有名望的乡绅聚在一起，联名上书要求留发。
上任办理的第一件事就没办好，方亨恼怒不已，见了这帮人，不由得破口大骂。
众人听他骂，一齐回骂，说：“汝是明朝进士，头戴纱帽、身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞、丑也不丑？”
方亨被气得瞠目结舌，说不出话来。
改日清晨，方亨到文庙行香，众多百姓在后试探追问，说：“如今江阴既已归顺，江阴百姓应该不会有什么危险吧？”
方亨板着脸说：“还没有执行剃发令。常州府派遣来的四名满兵，便是专门前来负责此事的，你们赶快剃发。”
众人愤然道：“头发怎可剃掉？”
方亨森然作色道：“这是大清律令，不可违抗！”
一个名叫许用的书生高呼道：“头可断，发决不可剃！”
吵闹不休之间，从常州府发来了布告，上面赫然有“留头不留发，留发不留头”的句子。
方亨就命书吏抄写该布告以四下张贴。
书吏看到“留头不留发，留发不留头”的字眼，一下子没忍住，把笔摔到地上，发狠说：“死了算了，抄什么抄？！”
方亨的老师无锡人苏提学听说学生出任江阴县令，特遣一个油头粉面的家丁前来贺喜。这个家丁还辨不清形势，竟然在堂上咆哮怒骂道：“尔这些奴才们，个个都该砍头！”
江阴百姓的怒火彻底被点燃，痛骂道：“你们这些降贼的奴仆，也配来江阴耍威风？”一齐发作，乱拳打他殴死。
既然已经闹出了人命，那就用不着再顾忌什么了！
失去了理智的人们将方亨扑倒在地，捆绑起来。
方亨大叫饶命，表示接受百姓的意见，向上级反映和要求免除剃发的举措。
早就该这么做了。
听了方亨的告饶，百姓们将他释放。
心地善良的百姓相信了方亨，方亨却传书常州府发兵前来镇压、征剿江阴。
你既不仁，就休怪我不义！
截获了方享请求发兵情报的江阴百姓怒不可遏，再次集中起来，又一次将方亨捉起来。
这次，大家再不留情，将方亨处死。
杀了方亨，有人想起了还有四名满兵住在同察院内，就呼啸着持枪冲往同察院。
四名满兵看大家如同狂潮一样涌来，大惊失色，胡乱发了几箭，就四下窜逃，其中一个堕入厕中、一个匿于厕上、一个躲在夹樯、一个跳上屋顶，最后都被擒获。
数日来，这四个狗头作满状、操满语，吃生猪肉，随地大小便，席地而卧。但人们到了他们居住的内室，只见床帷、灶釜都颇为精丽，不由大感狐疑，喝问之下，这四个人顿时原形毕露，操着满嘴苏州口音，说：“我们都是苏州人，不是鞑子，乞饶性命！”
众人又气又怒，将他们乱刀斩杀。
杀了清廷安排的县令，江阴百姓除了树起“大明中兴”的大旗，决定与清廷死磕到底。
全县民众闻风响应，揭竿为兵，裂裳为旗，四乡居民自发集结起来的有近十万人之众，就连三尺孩童也手持兵刃。如果谁不愿意来，就会遭到左邻右舍的鄙视和嘲笑。
大家在明伦堂设置起明太祖高皇帝的牌位，誓众起义，共推举曾做过江阴县典史的陈明遇为江阴城城主，率众抗清。
陈明遇平日宽仁浑厚，极得民心。面对众人的推举，他明确表示：“吾智勇不如阎公，此大事需阎公。”（高观澜辑：《忠义录》卷5，邵长蘅：《阎公传》）力推自己的前任典史阎应元为主。
阎应元，字丽亨，北直隶通州人，崇祯十四年（公元1641年），任江阴典史。刚到的时候，有一个名字叫顾容、外号叫做“顾三麻子”的海寇率领几百艘船来侵犯江阴，阎应元亲率士兵拒守，亲手发三矢，三矢中的，三名贼寇应弦而倒，其余贼众恐惧之下，一窝蜂散去。后来他又率兵扫荡盐盗，消除民乱，深得民心。弘光朝廷成立，弘光政府将他调到广东韶州的英德县担任主簿。因为母亲生病，再加上道路梗塞，没有成行。
得到大家的拥护，他抱着必死之心，在墙壁上题诗，写下了“事则万无可为，死则万无可免”的句子，慨然允诺。
由于阎应元安排合理，部署得当，全城又同仇敌忾，江阴义军异常轻松地把常州知府发来的三百清军歼灭于秦望山下。
此后，又多次挫败了前来围攻的各部清军。
清军伤亡惨重。
眼看屡攻不下，有清将恼怒万分地说道：“我得北京、得镇江、得南京，未尝惧怯，未尝费力；不要说江阴拳大的地方，就如此费力。”疯了一样攻城，换来的却是更大的死伤。
无奈之下，多铎加派了刘良佐、李成栋、土国宝等降将以及满将石堪等人前来助战。
刘良佐策马近城，劝谕城中民众早降。
他高仰头颅，向着阎应元叫嚣说：“弘光朝已经败北，江南皆下，若你们愿意转祸为福，爵位不在刘良佐之下！何自苦如此！”
阎应元鄙夷答道：“江阴士民，ire说久享大明三百年深恩，绝不望风降附。阎应元乃是大明典史，更是义不事二君。将军位为侯伯，身拥重兵；进不能恢复中原，退不能保障江左，何面目见我江阴忠义士民！”
刘良佐不死心，还要再劝，阎应元一句话阻止，说：“有降将军，无降典史！”一挥手，城中梆响，火箭齐发。
刘良佐吓了一跳，赶紧抱头鼠窜而去，嘴里不断嘟嚷道：“江阴人没救了！”
作为报复，刘良佐命令士兵用三层厚牛皮来制造攻城皮帐，中设九梁、八柱，由士兵架起，一步步向城墙进逼。
牛皮坚韧，城上矢石投之，皆反跃弹起，不能射入。
阎应元派人取人粪和以桐油煎滚浇下，牛皮帐顿时被烫穿，躲在下面的清军，非死即伤，骨肉溃烂，未伤及者，皆惊惶散去。
此后，连日攻战，刘良佐都没讨到半点便宜。
坐镇南京的多铎开始坐不住了，亲自点将，先派出恭顺王孔有德率部协攻，后又加派博洛、尼堪两贝勒率二十万大军、携红衣大炮前来支援。
一时间，小小江阴城被围得水泄不通。
博洛先将刘良佐捆责以正军法，给攻城不力的诸将来了个下马威。
尔后，博洛又亲自到城下巡察，登君山眺望，自信满满地对左右说：“此城呈舟形，南首北尾；若攻南北必不破，攻中间必破无疑。”
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